大学院哲学専攻（修士課程）では、哲学・宗教についての専門的な研究を行っています。
専攻では専門領域として「哲学・思想史」「キリスト教学」「美学・芸術学」の三つを設けていますが、これらの領域は相互に深く影響しあい関与しあっています。
一つの領域に留まることなく、隣接領域にも及ぶ包括的な研究を行っているのが本専攻の特徴です
研究を進めるにあたっては、外国語（ギリシア語・ラテン語・英語・フランス語・ドイツ語）あるいは古い日本語や漢文で書かれた文献を参照する必要がありますが、専任教員の手厚い指導の下、外国語文献や古文・漢文を読むだけでなく、外国語で論文を書き、発表する能力を養成します。
哲学・思想史
古代ギリシア・ローマの哲学、中世キリスト教哲学、スコラ哲学、近代哲学、現代倫理学、分析哲学、心の哲学などの西洋の哲学だけでなく、古代から現代までの日本思想などを広く学ぶことができます。
キリスト教学
聖書学、キリスト教学、神秘思想、キリスト教受容史、日本的霊性や日本人の宗教観・死生観、現代の諸問題、キリスト教美術・音楽など、さまざまな形態をとってあらわれる宗教性について研究しています。
美学・芸術学
美と芸術の思索の哲学的根拠づけ、思想家の芸術論、日本・西洋・東洋美術史、音楽理論や音楽史など、理論から個別芸術論まで、美学・芸術学にかかわる諸問題を扱っています。
これら3つの領域は相互に密接に、また有機的に関連しています。
学生は専門領域のみならず広く他領域の授業にも積極的に参加することによって、真に高い専門性と学際性を身につけることができると考えます。
また本専攻では、文献講読の基礎となる語学力の養成にも力を注いでいます。
研究を進めるにあたっては、外国語（ギリシア語・ラテン語・英語・フランス語・ドイツ語）あるいは古い日本語や漢文で書かれた文献を参照する必要がありますが、専任教員の手厚い指導の下、外国語文献や古文・漢文を読むだけでなく、外国語で論文を書き、発表する能力を養成します。